推进纳米孔测序 2021-08-10 

  

  测序人类基因组经过了13年,耗资十亿美元,这是一项重大的科学项目,开启了医学的新纪元。今天基因测序科技方面的进步,让同样的工作能以更少的费用在更短的时间内完成。未来的科技能将这项工作的完成时间削减到仅仅几秒。
  基于纳米孔的基因测序是第三代测序技术,能提供快速的疾病诊断和个人化医疗服务,有进一步改善医疗保健的潜力。方法越高效越好。虽然一些公司已经开始将这项技术商业化,但仍有一些障碍需要克服。
  目前使用的一种纳米孔方法主要基于生物材料。该方法使用了膜蛋白复合物,它们有能力识别个体和长链核苷酸。不幸的是,因为测序需要,纳米孔薄膜会被使用数百万次,蛋白质容易因过度使用而断裂。
  与之相对,固体纳米孔测序使用合成材料。石墨烯、氮化硅和二硫化钼等二维纳米材料的机械性能、热稳定性和化学稳定性更好。但是,这种方法仍有缺点。科学家需要进一步研究以更好地理解这些不同的固态材料的性质。
  近年来,有关另一种纳米材料MXene的研究引起了卡耐基梅隆大学研究人员的兴趣。这是一种单层、二维无机化合物,只有几个原子那么厚,被称为碳化钛。此前没有人注意到能将这种材料用于纳米孔基因测序。该研究发现发表在ACS Nano杂志上。
  MXene以其结合了金属和陶瓷两者的特性而著称,具有优秀的导热、导电能力和耐热性,易加工优点。
  研究人员想把MXene作为一种有潜力的基因检测膜材料进行研究,观察它与其他纳米材料的差异。他们使用分子动力学模拟分析它与单链DNA的相互作用。他们测量的物理特性包括离子电流、DNA的停留时间、物理吸附、碱基的灵活性和纳米孔的水合作用。
  一组纳米孔阵列包含上百个直径小于8纳米的孔。“如果纳米孔太大了,所有基因材料都会从孔中漏出,混合在一起。”机械工程副教授Amir Barati Farimani解释说,“如果太小,所有材料都不能通过。”
  团队发现基于MXene纳米孔能以高灵敏度检测不同类型的DNA碱基。Barati Farimani说:“我们证明了MXene是一种高效且有前景的纳米材料,可用于基于纳米孔的检测平台。”
  研究人员旨在利用强大的人工智能(AI)算法优化纳米孔系统对DNA的检测,以推进他们的研究工作。DNA碱基有独一无二的特点,能被用作输入信息来训练AI,从而提高DNA的检测精度。而且,AI能利用高维模拟数据学习,提取出能分辨DNA碱基的最关键的特点。
  “这项工作的延伸有望大大改进基于纳米孔的检测平台,并最终克服限制这项技术广泛使用的门槛。”Barati Farimani说。 (王嘉钰